Dopo aver fatto uccidere il 7 maggio 1592 lo zio Alfonso Gonzaga, marchese di Castel Goffredo, Rodolfo si impadronì del marchesato che resse in modo dispotico al pari di quello di Castiglione. La sua responsabilità nell’assassinio dello zio e altre malefatte avevano addirittura portato nel dicembre 1592 alla sua scomunica da parte di papa Sisto V. Alla fine la popolazione di Castel Goffredo ordì una congiura e il 3 gennaio 1593 Rodolfo fu ucciso con un colpo di archibugio mentre stava recandosi con la famiglia e il suo seguito a messa nella chiesa prepositurale di Sant’Erasmo da un certo Michele Volpetti che era stato servitore del marchese Alfonso. Alla sua uccisione la folla esplose in rivolta facendo scempio del cadavere del marchese, facendone prigioniere moglie e figlia e saccheggiandone il palazzo. L’omicidio ebbe come conseguenza una lunga causa giudiziaria alla fine della quale il tribunale imperiale assolse il Volpetti e la popolazione di Castel Goffredo riconoscendo i misfatti del marchese.